Hola Pablo, el query solo te va a filtrar los articulos que cumplan con la parte del where.
En el caso de los grupos de articulos puedes probar:
SELECT T0.ItemCode AS 'Código', T1.ItemName AS 'Descripción', T0.WhsCode AS 'Almacen', T0.OnHand AS 'Cantidad', T1.OnHand AS 'Disponible total' FROM OITW T0 LEFT OUTER JOIN OITM T1 ON T0.ItemCode = T1.ItemCode WHERE MinLevel ! = 0 AND T0.OnHand < MinLevel and T1.ItmsGrpCod in (101,102)
Reemplaza la parte de 101, 102 por los codigos de tu grupo de articulos que quieres que filtre.
Saludos.
Alessandro.